पशुओं में जाइगोट का विकास एक भ्रूण के रूप में ब्लास्टुला, गैस्ट्रुला और ऑर्गेनोजेनेसिस नामक एक विशेष अभिज्ञेय चरणों में होता है। एक तरल पदार्थ से भरी गुहा की विशेषता से युक्त ब्लास्टुला चरण, ब्लास्टोकॉयल, एक चक्र या कोशिकाओं की एक चादर से घिरी होती है, जिसे ब्लास्टोमिरेज भी कहा जाता है। अपरा संबंघी एक स्तनपायी के भ्रूण को जाइगोट (एक निषेचित अंडाणु) के प्रथम विभाजन और एक भ्रूण बन जाने के बीच के जीवाधारी के रूप में परिभाषित किया जाता है। इंसानों में, भ्रूण को विकास के आठवें सप्ताह में गर्भाशय में उत्पाद आरोपण की अवधारणा के रूप में परिभाषित किया जाता है। एक भ्रूण को विकास के अधिक उन्नत स्तर पर और जन्म तक या बच्चे के बाहर निकलने तक फीटस कहा जाता है, हालांकि दस्तूर के हिसाब से कुछ जानवरों को सभी तरह से बच्चे के पैदा होने तक भ्रूण कहा जाता है, जैसे, शिशु भ्रूण. इंसानों में, इस तरह की बात गर्भावस्था के आठवें सप्ताह से होती है।
गस्ट्रुलेशन के दौरान बास्टुला की कोशिकाएं कोशिका विभाजन, आक्रमण और/या दो (डिप्लोब्लास्टिक) या तीन (ट्रिप्लोब्लास्टिक) उत्तक परतों के निर्माण के लिए प्रवसन की समन्वित प्रकिया से गुजरती हैं। ट्रिप्लोब्लास्टिक जीवों में, तीन रोगाणु परत एण्डोडर्म, एक्टोडर्म और मेसोडर्म कहे जाते हैं। हालांकि, उत्पादित भ्रूण के प्रकार पर निर्भर करते हुए स्थिति और रोगाणु परतों की व्यवस्था उन्नत रूप से प्रजाति-विशेष होती है। रीढ़धारियों में, तंत्रिका शिखा नामक भ्रूणीय कोशिकाओं की एक विशेष जनसंख्या "चतुर्थ रोगाणु परत" के रूप में प्रस्तावित की गई है और इसे मस्तक की संरचना के विकास में महत्वपूर्ण विलक्षणता के रूप में माना जाता रहा है।
ऑर्गेनोजिनेसिस के दौरान कोशिकाओं के विकास की क्षमता से युक्त या प्रतिक्रिया के लिए पर्याप्त रोगाणु परतों के बीच आणविक और सेलुलर अंतर्क्रिया, अंग-विशेष कोशिका प्रकारों के बाद के विभेदन के लिए होती है।[कृपया उद्धरण जोड़ें] उदाहरण के लिए, न्युरोजेनेसिस में, एक्टोडर्म कोशिकाओं के एक उपजनसंख्या को दिमाग, स्पाइनल कॉर्ड और परिधीय तंत्रिकाओं के बनने के लिए बचाकर रखा जाता है। आधुनिक उन्नतिशील जीव विज्ञान, एंजियोजेनेसिस (पहले से मौजूद के द्वारा नई रक्त नलिका का गठन), कोन्ड्रोजिनेसिस (उपास्थि), मायोजेनेसिस (मांसपेशी), ऑस्टियोजेनेसिस (अस्थि) और कई अन्य को शामिल करते हुए प्रत्येक प्रकार के ऑर्गेनोजेनेसिस के लिए आणविक आधार की व्यापक जांच कर रही है।
आम तौर पर, अगर एक संरचना विकासवादी टर्म्ज में दूसरी संरचना के पूर्व-तारीख की होती है तो वह भ्रूण में मौजूद दूसरी संरचना से पहले ही प्रकट हो जाती है; इस सामान्य अवलोकन को कभी-कभी एक वाक्यांश " अंटोजेनी रिकैपिच्युलेट्स फिलोजेनी" द्वारा संक्षेपित किया जाता है।
उदाहरण के लिए, रीढ़ सभी रीढ़धारियों जैसे कि मछली, सरीसृप और स्तनपायी में सामान्य है और सभी रीढ़धारी भ्रूणों में रीढ़ सबसे पहले प्रकट होने वाली संरचना है। मानवों में प्रमस्तिष्क, जो मस्तिष्क का सबसे गूढ़ भाग है, सबसे अंत में विकसित होता है। यह नियम निरपेक्ष नहीं है, लेकिन यह मानव भ्रूण के विकास के लिए आंशिक रूप से उपयोगी होने के रूप में चिन्हित किया जाता है।
