जीवाणुओं का विशाल बहुमत, जो आमतौर पर लंबाई में 1 और 5 माइक्रोजमीटर के बीच होता है, मनुष्य के लिए हानिरहित या फायदेमंद होते हैं। हालांकि, रोगजनक बैक्टीरिया की एक अपेक्षाकृत छोटी सूची संक्रामक रोगों का कारण बन सकती है। सबसे अधिक रोग बोझ वाले जीवाणु रोगों में से एक टीबी है, जो कि बैक्टीरियम मायकोबैक्टीरियम ट्यूबरकुलोसिस के कारण होता है, जो प्रति वर्ष 2 मिलियन लोगों को मारता है, ज्यादातर उप-सहारा अफ्रीका में होता है रोगजनक जीवाणु अन्य विश्व स्तर पर महत्वपूर्ण बीमारियों, जैसे निमोनिया, में योगदान करते हैं, जो कि बैक्टीरिया जैसे स्ट्रैपटोकोकस और स्यूडोमोनस और भोजन संबंधी बीमारियों के कारण हो सकते हैं, जो कि शिगेला, कैंबिलोबैक्टर और साल्मोनेला जैसे बैक्टीरिया के कारण हो सकते हैं। रोगजनक बैक्टीरिया भी संक्रमण जैसे टीनेटस, टाइफाइड बुखार, डिप्थीरिया, सिफलिस और कुष्ठ रोग के कारण होता है।
जीवाणु अक्सर एंटीबायोटिक दवाओं द्वारा मारे जा सकते हैं, जो आमतौर पर सेल दीवार को नष्ट करने के लिए डिज़ाइन किया जाता है। इससे रोगज़नक़ों के डीएनए को उजागर किया जाता है, जिससे यह प्रोटीन पैदा करने में असमर्थ हो जाता है और बैक्टीरिया मरने के कारण होता है। कोशिका की दीवारों के बिना बैक्टीरिया का एक वर्ग माइकोप्लास्मा है (फेफड़े के संक्रमण का एक कारण)। जीवाणुओं का एक वर्ग जो अन्य कोशिकाओं (आभ्यांतरित इंट्रासेल्युलर परजीवी) के भीतर रहना चाहिए, क्लैमाइडिया (जीनस) है, जो यौन संचारित संक्रमण के कारण विश्व नेता है
